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ALLIANCE MAGITEK : Une alliance de trois puissantes nations. Leur puissance militaire se base sur la magitechnologie. Cette alliance comprend l'Empire Gesthal, Niflheim et Milites. Ils sont pour une conquête rapide et n'hésitent pas à raser des nations entières pour arriver à leurs fins.
Ils soutiennent également quelques organisations qui tentent de retrouver leur grandeur passée, tel Shinra.
Nation vaincue par l'alliance : Clayra
En guerre contre : Baron
PACTE DE BARON : Une alliance formée par Cecil qui tend à s'effondrer depuis la chute de ce dernier. Elle comprenait Baron, Alexandrie, Figaro, Guadosalam, Tycoon et le peuple Ronsos.
Sans la redoutable force de dissuasion qu'était Cecil, Baron a du mal à convaincre ses "alliés" de l'aider.
En guerre contre : Alliance Magitek
ETERNIA : Grand duché situé dans les montagnes d'Eternia. Leur force militaire n'est plus à prouver et se sont donnés pour mission de combattre les Ba'al.
En guerre contre : Zozo
ESHTAR : Grande nation indépendante technologiquement très avancée. Le château de Tycoon s'y situant, ils sont actuellement alliés.
ZOZO : Devenue une organisation économique après la fusion des Mondes, un étrange culte religieux s'est depuis emparé de la ville et s'en sert comme quartier général. Ils se servent de la puissance d'étranges créatures pour tenter de réduire le monde à néant. L'ancien leader de Zozo est actuellement porté disparue.
En guerre contre : le monde entier.
WUTAI : Fiers peuples de ninjas, les extrémistes de l'Unité du Croissant essayent aujourd'hui d'affirmer leur puissance pour renverser la Shinra. Ils ont ainsi déclaré la guerre à leur voisin, Gathelatio.
En guerre contre : Gathelatio
GATHELATIO : Cité-nation hébergeant le cœur de l'Orthodoxie Cristalline. Défendue par la fière Garde Cristalline, ils se retrouvent isolés de leurs alliés à la merci des Ninja du Wutai.
En guerre contre : Wutai
WRO : Organisation visant à préserver les Mondes. En plus de leurs forces principales, ils bénéficient de la puissance des SEED et des Turks (ces derniers ayant été chassés de Shinra).
MAGISTERE : Association scientifique regroupant de nombreux cerveaux venus du monde entier. Ils bénéficient néanmoins de l'aide de puissants guerriers à leur service.
L'ORGANISATION : Association de guerriers redoutables. Leur quartier général situé aux alentours de Clayra a été réduit en cendre par l'Alliance Magitek et nul ne sait ce qu'il est advenu de leurs combattants les plus chevronnés.